Penentuan harga komoditas sumber daya alam mempengaruhi porsi penerimaan negara pajak maupun bukan pajak. Harga komoditas tersebut bergantung pada permintaan dan penawaran di pasar dunia, yang selanjutnya dikendalikan oleh berbagai kebijakan di negara produsen dan konsumen masing-masing. Khususnya untuk batubara thermal di Indonesia, saat ini fluktuasi harga dipengaruhi oleh permintaan dari Tiongkok dan India.
Badan usaha pertambangan batubara di Indonesia kini diwajibkan melakukan jual-beli batubara dengan kesepakatan harga yang merujuk pada ketetapan harga oleh pemerintah. Hal ini berlaku dalam penjualan baik di dalam maupun luar negeri sesuai kegiatan perdagangan ekspor, dan penjualan terhadap mitra IUP/IUPK operasi produksi.
Direktur Jenderal Mineral dan Batubara atas nama Menteri rutin mengumumkan penetapan besaran harga batubara acuan dan harga patokan batubara sejak 2010 sesuai Peraturan Menteri Energi dan Sumber Daya Mineral (Permen ESDM) Nomor 17 Tahun 2010 yang telah digantikan oleh Permen ESDM Nomor 07 Tahun 2017. Kewenangan penetapan tersebut kini diambil alih Menteri ESDM sesuai Permen ESDM 44/2017, sedangkan Permen ESDM 19/2018 menegaskan bahwa Menteri menetapkan harga jual batubara untuk kepentingan dalam negeri.
