Program Bantuan Operasional Sekolah (BOS) tidak mampu menghapus iuran di jenjang pendidikan dasar sehingga menghambat kebijakan pendidikan dasar gratis berkualitas.
Masih tingginya iuran di sekolah/madrasah karena dana BOS tidak cukup untuk memenuhi kebutuhan operasional sekolah. Hal ini disebabkan: Pertama biaya satuan BOS kurang dari semesti-nya (under estimated). Kedua biaya satuan BOS sama antar kabupaten/kota.
Alokasi biaya satuan BOS saat ini berbasis pada standar biaya operasional non personalia yang ditetapkan oleh BSNP. Yang membuat dana BOS under estimated karena biaya satuan BOS juga mencakup biaya investasi (seperti untuk pengadaan buku perpustakaan, komputer dll) serta biaya personal (seperti gaji guru dan pegawai honorer). Pada tahun 2015 penggunaan dana BOS untuk gaji guru/pegawai honorer maksimal 15% dari total dana BOS yang diterima sekolah/madrasah negeri.
Biaya satuan BOS saat ini mengacu pada standar biaya operasional non personalia yang berlaku di DKI Jakarta. Bagi daerah dengan indeks biaya pendidikan yang lebih tinggi dari Jakarta tentunya alokasi dana BOS saat ini tidak akan cukup. Studi Bank Dunia tahun 2014 menunjukan bahwa daerah-daerah yang mempunyai indeks biaya pendidikan tinggi umumnya berada di wilayah Indonesia timur yang anggaran daerah untuk pendidikan-nya juga rendah.
